إن مهمة نقابتي أطباء لبنان هي مهمة طبية، صحية، علمية، إدارية، إرشادية تستهدف:

1. جمع كلمة الأطباء والدفاع عن حقوقهم والمحافظة على مصالحهم المعنوية والمادية المشروعة ورفع مستوى مهنتهم والسهر على آداب الطبابة وكرامتها.
2. تأديب الأطباء الخارجين على قوانينيها وعلى الآداب الطبية.
3. إبداء الرأي وتقديم المقترحات الضرورية بمشاريع القوانين والأنظمة المتعلقة بمهنة الطبابة وبالاتفاقات الصحية.
4. إبداء الرأي في إرسال البعثات الطبية وفي حضور المؤتمرات الصحية الدولية.
5. التنسيق مع المؤسسات الحكومية، ولا سيما مع وزارتي الصحة العامة والبيئة لإتخاذ المقررات التي تراها النقابة مفيدة في المسائل العائدة للصحة العامة، وفي رسم السياسة الصحية الوطنية.
6. تقديم المقترحات بشأن المناهج الدراسية الطبية في كليات ومعاهد الطب في لبنان، والسهر على الأهلية المهنية للأطباء.
7. المساهمة إلى جانب المؤسسات المحلية والدولية في الدفاع عن حقوق الإنسان في الشأن الصحي.
8. التنسيق مع وزارتي الصحة العامة والإعلام بكل ما يتعلق بالإعلام الطبي والبرامج الطبية من أي نوع كانت.
9. إبداء الرأي في تنظيم المهن المساعدة في حقل الطب.
10. وضع دليل للتعرفة وللبدل.
11. السعي لحل المنازعات التي قد تقع بين الأطباء أو بينهم وبين مرضاهم.
12. معاونة المحتاجين والعجز من الأطباء أو من عائلاتهم، وإنشاء صندوق تقاعدي لضمان الشيخوخة والعجز.
13. وضع صيغة تأمين صحي ذاتي للجسم الطبي، وإنشاء صندوق تعاضدي لهذه الغاية.